To jest stara, nieaktualizowana już wersja portalu wydziałowego. Zapraszamy na www.mimuw.edu.pl.
Wydział MIM Uniwersytet WarszawskiFaculty of MIM University of Warsaw

Wyszukiwarka

Pomiń menu

Wymagania na egzamin wstępny na studia drugiego stopnia

Egzamin wstępny na studia drugiego stopnia z bioinformatyki i biologii systemów obejmuje następujące zagadnienia:

  • Podstawy chemii
    • Podstawowe pojęcia chemii
    • Budowa atomu i molekuł
    • Kształt molekuł
    • Reakcje chemiczne
    • Równowagi chemiczne
    • Elementy termodynamiki chemicznej
    • Podstawowe techniki doświadczalne
    • Systematyka zwiazków organicznych
    • Nomenklatura
    • Proste reakcje chemii organicznej
    • Elementy spektroskopii i innych technik badania związków organicznych
    • Biomakromolekuły – skład, właściwości, konformacje, techniki doświadczalne
  • Podstawy fizyki
    • Podstawowe pojęcia i prawa kinematyki i dynamiki
    • Prawa zachowania: pędu, momentu pędu i energii
    • Praca i energia
    • Podstawy elektrostatyki, potencjał i natężenie pola elektrostatycznego, prawo Gaussa
    • Pole elektrostatyczne pochodzące od układu ładunków
    • Pole dipola elektrycznego, dipol trwały i indukowany
    • Dielektryki, polaryzacja, pola elektrostatyczne w dielektrykach
    • Przewodniki, proste obwody z prądem, kondensatory
    • Elementy mechaniki kwantowej, stacjonarne równanie Schroedingera
    • Modelowe układy w fizyce klasycznej i kwantowej
    • Wybrane modele atomu wodoru
    • Atomy i molekuły, jakościowa teoria wiązania chemicznego na przykładzie molekuły dwuatomowej
    • Widma energii i elementy spektroskopii molekularnej
    • Podstawy fizyki statystycznej: gaz doskonały i rzeczywiste gazy
    • Rozkład Boltzmanna
    • Energia wewnętrzna, entropia, entalpia i energia swobodna
    • Entropia i informacja
    • Wybrane zagadnienia metod obliczeniowych fizyki układów (bio)molekularnych: mechaniczne modele układów wieloatomowych, podstawy metod Monte-Carlo, generowanie zespołu statystycznego w stałej temperaturze i objętości, proste algorytmy klasycznej dynamiki molekularnej układu wieloatomowego
  • Rachunek różniczkowy i całkowy
    • Elementy logiki i teorii mnogości
    • Wielomiany i twierdzenie Bezout
    • Funkcje wymierne i funkcje elementarne (funkcja wykładnicza, logarytm, funkcje trygonometryczne i cyklometryczne)
    • Najważniejsze informacje o ciągach i szeregach
    • Granica i ciągłość funkcji
    • Pojęcie pochodnej, jego interpretacja geometryczna i mechaniczna
    • Rachunek różniczkowy i całkowy funkcji jednej zmiennej (twierdzenie o wartości średniej, ekstrema, wzór Taylora, wyrażenia nieoznaczone, badanie przebiegu zmienności
    • Całka Newtona i jej interpretacja geometryczna
    • Metody całkowania funkcji jednej zmiennej
    • Proste równania różniczkowe zwyczajne o zmiennych rozdzielonych, pojawiające w zastosowaniach fizycznych i innych
  • Wstęp do informatyki
    • Język skryptowy shell
    • Podstawy programowania w języku Perl
    • Podstawy programowania w języku Python
  • Wstęp do biologii
    • Definicja życia
    • Biosfera
    • Poziomy orgaznizacji życia
    • Podstawowe teorie biologiczne (komórkowa, ewolucji i doboru naturalnego, dziedziczenia)
    • Homeostaza
    • Różnorodność życia na Ziemi
    • Systemy klasyfikacyjne
    • Najważniejsze taksony (elementy mikrobiologii, anatomia roślin i zwierząt)
  • Rachunek prawdopodobieństwa i statystyka
    • Modele dyskretne rachunku  prawdopodobieństwa
    • Łańcuchy Markowa
    • Podstawowe rozkłady ciągłe
    • Prawo wielkich liczb i centralne twierdzenie graniczne
    • Elementy teorii informacji
    • Model statystyczny
    • Metody estymacji
    • Własności i porównywanie estymatorów
    • Przedziały ufności
    • Testy istotności
    • Własności i porównywanie testów
    • Model liniowy
  • Algorytmy i struktury danych
    • Algorytmy tekstowe (wyszukiwanie wzorca)
    • Algorytmy grafowe (komputerowa reprezentacja grafów, przeszukiwanie, problemy ścieżkowe)
    • Algorytmy na drzewach
    • Drzewa sufiksowe
    • Tablice sufiksowe
  • Ekologia
    • Osobnik w środowisku
    • Gatunek
    • Populacje
    • Demografia populacji ludzkiej
    • Interakcje międzygatunkowe
    • Biocenozy
    • Biomanipulacja
    • Ekosystem
    • Ekologia krajobrazu
    • Ekosystemy przekształcone przez człowieka
  • Biochemia
    • Budowa i właściwości najważniejszych związków drobnocząsteczkowych (aminokwasy, cukry, nukleotydy, związki lipidowe, metabolity wtórne)
    • Budowa i właściwości najważniejszych związków wielkocząsteczkowych (białka, kwasy nukleinowe, polisacharydy)
    • Elementy katalizy enzymatycznej
    • Kinetyka reakcji enzymatycznych
    • Główne szlaki metaboliczne
    • Elementy bioenergetyki
  • Matematyka dyskretna i algebra liniowa
    • Elementy kombinatoryki
    • Podstawy teorii grafów
    • Przestrzenie liniowe
    • Przekształcenia liniowe
    • Macierze
    • Wyznaczniki
    • Wektory własne
  • Programowanie i projektowanie obiektowe
    • Podstawowe pojęcia programowania obiektowego (dziedziczenie, polimorfizm, metody wirtualna, konstruktory i dekstruktory)
    • Podstawy języka Java
    • Podstawy projektowania systemów informatycznych (język UML)
    • Diagramy przepływu czynności (TAVERNA)
  • Biologia komórki
    • Typy budowy komórki (prokariotyczna, eukariotyczna, zwierzęca, roślinna)
    • Różne typy osłon komórkowych
    • Błony biologiczne
    • Transport przez błony
    • Organizacja i ruchy cytoplazmy
    • Organelle
    • Genofory
    • Cykl komórkowy
    • Mitoza i mejoza
    • Elementy embriologii
  • Biologia molekularna z genetyką
    • DNA jako nośnik informacji genetycznej
    • Podstawy genetyki klasycznej
    • Genetyka człowieka
    • Elementy inżynierii genetycznej
    • Różne typy sekwencji nukleotydowych
    • Genomika
    • Ewolucja sekwencji nukleotydowych
    • Chromatyna
    • Replikacja DNA
    • Mutageneza
    • Naprawa uszkodzeń DNA
    • Transkrypcja
    • Kontrola aktywności genów
    • Mechanizmy epigenetyczne
    • Składanie i edytowanie RNA
    • Małe regulacyjne RNA
    • Translacja
    • Dojrzewanie białek (folding, modyfikacje potranslacyjne)
    • Adresowanie białek
    • Degradacja białek (ubikwitynacja, proteosom, autofagia, reguła N-końca)
  • Fizjologia i regulacja metabolizmu
    • Tkanki, narządy, układy narządów u roślin i zwierząt
    • Wzrost i różnicowanie się roślin i zwierząt
    • Elementy immunologii
    • Rozmnażanie się roślin i zwierząt
    • Reakcje roślin na zmiany środowiska
    • Zachowanie się zwierząt
  • Matematyka obliczeniowa
    • Arytmetyka komputerów
    • Poprawność algorytmów numerycznych
    • Rozwiązywanie skalarnych równań nieliniowych
    • Rozwiązywanie układów równań liniowych
    • Interpolacja i aproksymacja
    • Numeryczne całkowanie
    • Obliczanie wartości własnych macierzy
  • Optymalizacja i teoria gier
    • Rachunek różniczkowy funkcji wielu zmiennych (pochodne cząstkowe, różniczka zupełna, ekstrema, ekstrema związane)
    • Elementy teorii Riemanna funkcji wielu zmiennych
    • Podstawowa struktura modeli teoriogrowych
    • Równowaga Nasha
    • Strategie ewolucyjnie stabilne
    • Dynamiczne modele replikatorowe
    • Genetyka populacyjna
    • Algorytmy genetyczne
    • Algorytmy typu boosting bazujące na teorii gier
  • Wstęp do bioinformatyki
    • Podstawowe bazy danych, algorytmy i narzędzia informatycznych służące do operacji na sekwencjach nukleotydowych i białkowych
    • Zaawansowane metody porównywania jednej oraz wielu sekwencji z elementami ewolucji molekularnej
    • Analiza, porównywanie i adnotacja sekwencji genomowych
  • Statystyczna analiza danych
    • Klasteryzacja danych (klasteryzacja oparta na modelu statystycznym, metody relokacyjne, metody hierarchiczne)
    • Analiza składowych głównych (PCA)
    • Skalowanie wielowymiarowe
    • Selekcja cech
    • Klasyfikacja danych (metody parametryczne)
    • Klasyfikator bayesowski
    • Regresja liniowa
    • Liniowa analiza dyskryminacyjna (LDA)
    • Metody nieparametryczne (maszyny wektorów wspierających SVM, kalsyfikatory drzewowe)
    • Ocena istotności wyników
  • Enzymologia molekularna
    • Poziomy organizacji strukturalnej białek
    • Motywy strukturalne
    • Klasyfikacja strukturalna białek
    • Siły kształtujące struktury przestrzenne
    • Folding
    • Metody badania struktury białek
    • Centrum aktywne
    • Mechanizmy katalizy enzymatycznej
    • Regulacja aktywności enzymów (allosteria, kooperatywność, różne rodzaje hamowania, modyfikacje postsyntetyczne)
    • Regulacja i koordynacja przemian metabolicznych
    • Abzymy i rybozymy
  • Bazy danych i usługi sieciowe
    • Podstawy teorii relacyjnych baz danych
    • Projektowanie relacyjnych baz danych (postaci normalne, klucze, więzy spójności)
    • Język zapytań SQL
    • Użytkowanie i administracja baz danych
    • Interfejsy sieciowe w architekturze klient–serwer
    • Typy sieci
    • Protokoły sieciowe
  • Biologiczne systemy koordynacji
    • Regulacja i koordynacja metabolizmu w komórce i organizmie
    • Przekazywanie sygnałów w komórce
    • Szlaki sygnałowe
    • Homeostaza
    • Regulacja hormonalna i nerwowa
    • Regulacja rozwoju
    • Elementy neurofizjologii
    • Stabilność ekosystemów
  • Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna
    • Przegląd metod analizy sekwencji i badania struktury kwasów nukleinowych, białek i innych biopolimerów
    • Przewidywanie struktury białek metodami homologicznego modelowania
    • Metody mechaniki i dynamiki molekularnej oraz metody Monte-Carlo i ich zastosowania w badaniach struktury i dynamiki
    • Dynamika Monte-Carlo na sieciach i jej zastosowania
    • Technika wymiany replik
    • Funkcje korelacji
    • Przyczynowość w dynamice układów biomolekularnych
    • Mezoskopowe pola molekularne elektrostatyczne i hydrofobowe
    • Maszyny biomolekularne
    • Podstawy projektowania inhibitorów enzymów, potencjalnych leków
    • Metody projektowania molekularnego z wykorzystaniem technologii wirtualnej rzeczywistości
    • Modelowanie wybranych procesów regulacyjnych i szlaków sygnałowych
  • Technologie w skali genomowej
    • Mikromacierze (projektowanie i wykonanie eksperymentu, przetwarzanie danych, statystyczna analiza wyników)
    • Alternatywne technologie badania ekspresji genów (SAGE, RT-PCR)
    • Spektrometria masowa (technologia, interpretacja widma, klasyfikacja, dyskryminacja)
    • Sieci oddziaywań białko-białko (metody eksperymentalne, własciwości sieci, moduły i motywy w sieciach oddziaływań)